Prodi Magister Pendidikan Matematika UNY merumuskan Capaian Pembelajaran Lulusan (CPL) berdasarkan kebijakan pemerintah, visi dan misi UNY dan program studi, serta masukan dari stakeholders. Secara umum, CPL Prodi S2 Pendidikan Matematika UNY mencakup aspek sikap, pengetahuan, keterampilan khusus, dan keterampilan umum yang selanjutnya dijabarkan lebih rinci sebagai berikut:

1. Merealisasikan nilai religi, etika akademik, dan tanggungjawab sebagai wujud berjiwa Pancasila
2. Menguasai teori pedagogik dan didaktik, kurikulum, dan asesmen pendidikan matematika
3. Mendemonstrasikan penguasaan literatur dan konsep yang berkaitan dengan praktik pendidikan matematika
4. Mendemonstrasikan penguasaan pemecahan masalah matematika sekolah dan konsep matematika pendidikan tinggi
5. Mampu menganalisis isu-isu kekinian pendidikan matematika secara kritis menggunakan pendekatan interdisiplin dan multidisiplin
6. Mampu melakukan seluruh tahapan riset dan pengembangan pendidikan matematika yang bermanfaat bagi masyarakat, stakeholder,dan keilmuan
7. Mengkomunikasikan temuan ilmiah bidang pendidikan matematika pada forum maupun jurnal di tingkat nasional atau internasional
8. Memiliki keterampilan berfikir logis, kritis, sistematis dan kreatif
9. Menunjukkan daya adaptasi, kemandirian, kepemimpinan dan kemampuan bekerja sama